Pierwsze wzmianki
o kościele Franciszkanów pochodzą z roku 1257. Musiał już wtedy istnieć
jakiś kościół, zwłaszcza, że franciszkanie posiadali na podstawie nadania
przez Ottokara II z 1270 roku znaczne włości na wyspie Piasek. W 1350 roku,
jest już mowa o kościele Najświętszej Marii Panny i św. Franciszka. W
okresie wojen husyckich franciszkanie przenieśli się jednak bliżej murów
obronnych, w okolice ulicy Niskiej, gdzie w latach 1431-1432 zbudowali
kościół św. Anny. Kościół i zaczątki klasztoru na wyspie Piasek spłonęły w
roku 1463, a dzieła zniszczenia dopełniła powódź w roku 1475. Na początku
XVI wieku zgromadzenie franciszkanów przestało istnieć, a pozostałości po
kościele wykorzystano jako kaplicę na utworzonym w 1542 roku cmentarzu.
W 1604 roku z Pragi do Kłodzka przyjechało dwóch franciszkanów, którym
udało się odzyskać pierwotne mienie klasztorne. Na skutek nieprzychylnych
nastrojów dla katolików, mienie zostało jednak franciszkanom skonfiskowane
natomiast Rada Miejska utworzyła w istniejących budynkach drukarnię oraz
szkołę niemiecko-ewangelicką.
Ostatecznie mienie zwrócono franciszkanom w 1622 roku, a w 1628 roku
rozpoczęli oni budowę obecnego kościoła. Wnętrze wykończono jednak dopiero w
roku 1697. Budowa klasztoru w obecnym kształcie trwała od 1678 do 1731 roku,
a wnętrza ostatecznie wykończono w roku 1744. W międzyczasie, ok. roku 1711
miała miejsce przebudowa kościoła przez M. von Frankenberga.
W 1783 roku kościół i klasztor spotkała kolejna powódź, która mocno
naruszyła mury i fundamenty budynków. Remont ich nie został jednak
przeprowadzony z powodu znacznych i dużych kosztów.
Na podstawie dekretu o sekularyzacji w 1810 roku franciszkanów usunięto.
Budynki przez okres blisko 10 lat stały pustką. W klasztorze powstał szpital
wojskowy. Kościół przemianowano zaś na katolicką świątynię garnizonową. W
tym też czasie zniszczona została część wystroju wnętrz.
Budynek kościoła jest trójnawową bazyliką o długości około 30 metrów. Nawa
główna przekryta jest sklepieniem kolebkowym, po jej obu stronach
umieszczone są po cztery ośmioboczne kaplice ze sklepieniem żagielkowym,
tworzące nawy boczne. Po obu stronach portalu wejściowego umieszczone są
dwie jednakowej wysokości trzykondygnacyjne wieże zwieńczone baniastymi
kopułami. W elewacji znajdują się nisze z figurami oraz bogaty portal
barokowy z rozetami w pachwinach poł. wys. Pilastrów
flankujących, zwieńczonych gzymsem z inskrypcją i trójkątnym naczółkiem.
Klasztor jest obszernym budynkiem na planie kwadratu z wewnętrznym
dziedzińcem. Ściana północna przylega do budynku kościoła wystając przed
jego front - dzięki czemu powstał dziedziniec łączący wejścia do kościoła i
klasztoru. Wschodnia i zachodnia część klasztoru przedłużone są poza obrys
budynku – obie są ponadto zwieńczone na końcach cylindrycznymi wieżyczkami.
Wieże zakończone barokowymi hełmami z prześwitem. Na stropie i ścianach są
umieszczone freski malowane prawdopodobnie w XVII w. przez Schefflera ,
zostały one gruntownie przemalowane w XIX w.
Wnętrza klasztoru mocno zostało zdewastowane podczas istnienia pruskiego
szpitala. Głównym miejscem jest ogromna sala o wymiarach 10 na 18 metrów
przekryta spłaszczonym sklepieniem nieckowym. Pośrodku sklepienia
umieszczony jest owalny obraz przedstawiający Trójcę Świętą i postacie św.
Franciszka oraz innych świętych, męczenników i ojców Kościoła. Łączenie
sklepienia ze ścianami ozdobione jest rokokowym fryzem z płaskorzeźbami
dzieci.
Zespół klasztorny otoczony jest ceglanym murem z dwoma współczesnymi
bramami. W 1993 r. kościół otrzymał nową elewację. Natomiast w 1997 roku
został zniszczony przez powódź przechodzącą przez Kłodzk , i następnie
odremontowany.